boxAの中からhasで絞る

has('～')の引数で指定した要素を階層構造の下まで探し、それらを含むセレクタ（[1] [2]の場合はboxA、[4]はboxD）が選ばれました。

[3]はspanが含まれていないため選択（実行）されませんでした。

セレクタ自身は含むか

セレクタそのものに適合する引数を渡した際に、セレクタそのものが選択されるか否か試してみます。boxDの中にはdivはなく、もしセレクタそのものが選択されるのであればboxDのborderは赤くなるはずです。

セレクタそのものは含みませんでした。

おおまかなコードとhasのまとめ

上をかなり大雑把に書くと以下のようになります。

<input type="button" value="実行する">
<div class="boxA">
<div class="boxB">
		・・・
</div>
</div>

.boxB	{
  border-width: 5px;
  border-style: solid;
  border-color: #9cf; /* 水色 */
}

.selected {
  border-color: red;
}

	$('input').click(function(){
		$('.boxA').has('div').toggleClass('selected');
});

（見やすくするためにCSSは上記以外に多少の装飾をしています。また、HTML/CSS/jQueryで実際はこのページ用に複雑な処理をしています。）

CSSでborderを赤くするクラスを用意し、jQueryは
1行目：ボタンをクリックすると、
2行目：boxAの中から. divを探し. それを含むセレクタのクラスを切り替える。
という処理です。

divをpなどに替えればそれらを含むセレクタが選ばれます。

hasメソッドで指定した子孫要素（下の全ての階層）を含む（持つ）要素を絞る（探す）ことができました。